Da der Wirkstoff vorwiegend die für das Immunsystem so wichtigen Lymphozyten schädigt, ist Fieber eine der häufigsten Reaktionen (Pyrexie 33%), gefolgt von körperlicher Abgeschlagenheit (Fatigue 31%), Übelkeit (22%), Hautausschlag, Kopfschmerzen, sowie Reaktionen an der Injektionsstelle.
Eine sehr starke Wirkung zeigt Cladribin auf das Knochenmark, dem Zentrum der menschlichen Blutbildung. Die Auswirkungen sind individuell sehr unterschiedlich und bedürfen der genauen Kontrolle Ihres behandelnden Arztes. Eine Schädigung des Nervensystems wird in etwa 15% aller Anwendungen beschrieben.
Da die Substanz das Erbgut beeinflusst, sollten Männer daher während der Behandlung und bis zu sechs Monate nach deren Abschluss kein Kind zeugen.