Die häufigsten Nebenwirkungen von Binatumumab sind Infektionen, eine erniedrigte Anzahl bestimmter weißer Blutkörperchen, roter Blutkörperchen und Bluplättchen, Fieber, Schwellung, Schüttelfrost, Kopfschmerzen, Hautausschlag, erniedrigter Blutdruck, erhöhte Herzfrequenz, Husten, Schlaflosigkeit und Gliederschmerzen. Außerdem kann ein Zytokinfreisetzungssyndrom auftreten. Hierbei kommt es zu grippeähnlichen Symptomen. Aber auch schwerere Verläufe sind möglich.